Генетическое разнообразие иксодовых клещей Ixodes ricinus (L.) и трансмиссивных микроорганизмов в очагах Республики Молдова
|
СтатусДиссертация была зашищена 19 сентября 2008Утверждена Национальным Советом 23 октября 2008 Автореферат – 0.55 Mb / на румынском – 0.62 Mb / на русскомДиссертацияCZU 579.895.421(478)(043.3)+595.421(478)(043.3
|
Ключевые слова
Генетический полиморфизм; молекулярно-генетические маркеры; иксодовые клещи; трансмиссивные микроорганизмы; позвоночные хозяева; молекулярная филогенияАннотация
Целью настоящей работы было выявить молекулярно-генетическое разнообразие иксодовых клещей Ixodes ricinus (L.) (Acarina, Ixodidae), патогенных микроорганизмов и позвоночных хозяев в рамках системы «паразит – хозяин» в смешанных очагах клещевых боррелиозов.
Всего было собрано 750 экземпляров клещей I. ricinus в очагах с разной степенью антропогенного пресса: территория заповедников «Кодры» и «Пэдуреа домнеаскэ», урбаноценоз Кишинёва, лесо-парковые «Вадул-луй-Водэ» и «Дурлешты».
Исследование генетического разнообразие популяций I. ricinus было проведено с использованием 12S рДНК митохондриального маркера. Сиквенированные последовательности длиною в 420 п.о, содержали 86,69%, 2,91% и 10,4% константных, вариабельных и неинформативных участков, соответственно. Частота встречаемости транзиций (1,3%) была выше, чем трансверсий (1,11%). Делеции составили 0,5%. Нами было определено наличие пяти гаплотипов среди популяций I. ricinus: три из них являются уникальными для Республики Молдова, два других – похожи на клещей из Восточной и Западной Европы. Разнообразие гаплотипов было меньше на территории заповедников «Кодры» и «Пэдуря Домняскэ» и выше – в урбаноценозах Кишинэу.
Комплекс B. burgdorferi s.l. был выявлен в 13,7±0,8% исследованных клещей I. ricinus. В очагах г. Кишинэу самки клещей имели больший процент заражения. На основании методов ПЦР-RFLP и ПЦР-RLB с генетическим маркером 23S-5S рДНК, было определено 5 видов B. burgdorferi s.l.: B. burgdorferi s.s., B. garinii, B. afzelii, B. valasiana, B. lusitaniae. Вид-доминантом является B. afzelii.
Виды семейства Anaplasmataceae обнаружены впервые на территории Республики Молдова среди 8,02±0,43% исследованных иксодовых клещей. Проведённый BLAST анализ ПЦР продуктов 16S рДНК, выявил два вида: A. phagocytophilum и Сandidatus N. massilliensis с 98% - 100% сходства с базой MBL/DDBJ/GenBank. Филогенетическое древо показало, что сиквенированных последовательности ДНК вида A. phagocytophilum попадают в один кластер с таковыми, обитающими на территории Европы и США; величина индекса бутстрап составила 98%. В тоже время, кластеры Сandidatus Nicolleae massilliensis, находятся отдельно с величиной индекса бутстрап в 100%.
На основании «blood meal DNA» 12S рДНК RLB-ПЦР теста выявлено, что на исследованных территориях, среди диких животных в прокормлении личинок и нимф доминирующую роль играют 2 вида птиц (Turdus merula и Erithacus rubecula), 2 вида мелких млекопитающих (Apodemus sylvaticus и Clethrionomys glareolus) и 1 вид ящериц (Lacerta viridis); в прокормлении имаго клещей учавствуют лисы, кабаны, косули.
В результате молекулярного маркирования в очагах клещевого боррелиоза установлена следующуая закономерность: присутствие B. afzelii и B. garinii риботип NT 43 только в клещах, которые питались на мелких млекопитающих, B. garinii риботип 20047 и B. valasiana – на птицах; B. lusitaniae – на птицах и ящерицах; B. burgdorferi s.s., A. phagocytophilum и Сandidatus N. massilliensis – не специфичен в отношении резервуарного хозяина.
Содержание
- 1.1. Современная концепция паразитарной системы
- 1.2. Генетический полиморфизм системы «паразит – хозяин»
- 1.2.1. Молекулярно-генетические основы паразитарной системы растительных организмов – хозяев
- 1.2.2. Молекулярно-генетические основы паразитарной системы животных организмов
- 1.3. Использование молекулярных маркеров в изучении биоразнообразия паразитов и хозяев
- 1.4 Генетический полиморфизм иксодовых клещей и их роль в формировании очагов
- 1.4.1. Молекулярно-генетический полиморфизм иксодовых клещей
- 1.4.2. Разнообразие патогенных микроорганизмов иксодовых клещей
- 2.1. Классические методы сбора и видового определения иксодовых клещей
- 2.2. Молекулярно-биологические методы исследования
- 2.2.1. Протоколы выделения ДНК из организма иксодовых клещей
- 2.2.2. Выявление молекулярно-генетического полиморфизма иксодовых клещей (Acarina, Ixodidae)
- 2.2.3. Молекулярно-генетический скрининг видовых комплексов патогенных микроорганизмов
- 2.2.4. Сиквенирование продуктов ПЦР
- 2.2.5. Методы статистистической обработки данных и биоинформатики
- 3.1. Сравнительная характеристика эффективности приёмов экстракции ДНК из организма иксодовых клещей сохранённых различными технологиями
- 3.2. Дизайн уникальных олигонуклеотидов для генотайпинга видов комплекса B. burgdorferi s.l. методом ПЦР-RLB
- 3.3. Дизайн универсальных и уникальных олигонуклеотидов для молекулярно-биологических тестов по выявлению круга позвоночных хозяев иксодовых клещей Ixodes ricinus
- 3.4. Сравнительный анализ чувствительности молекулярных межгенных спейсеров в диагностике видового комплекса B. burgdorferi s.l.
ГЛАВА IV. Молекулярно-генетическое маркирование компонентов смешанных очагов клещевого боррелиоза- 4.1. Разнообразие видов Borrelia burgdorferi s.l., сем. Anaplasmataceae и резервуарных позвоночных хозяев в клещевых очагах Ixodes ricinus на территории Республики Молдова
- 4.2. Экология очагов иксодовых клещевых боррелиозов и анаплазмозов
ГЛАВА V. Молекулярно-генетический полиморфизм клещей ixodes ricinus (l.) в очагах республики молдова- 5.1. Эколого-биологические особенности популяций Ixodes ricinus (L.) в очагах с разным уровнем антропогенного пресса
- 5.2. Молекулярно-генетический полиморфизм участка 12S рДНК клещей Ixodes ricinus
ГЛАВА VI. Молекулярно-генетический полиморфизм и внутривидовой филогенетический анализ комплексов Borrelia burgdorferi s.l. и Anaplasmataceae- 6.1. Молекулярно-генетическое разнообразие иксодовых клещевых боррелиозов Borrelia burgdorferi s.l.
- 6.1.1. Общая характеристика иксодовых клещевых боррелиозов
- 6.1.2. Генетический полиморфизм ITS-1 региона B. burgdorferi s.s. и B. garinii
- 6.1.3. Внутривидовой филогенетический анализ комплекса Borrelia burgdorferi s.l.
- 6.2. Молекулярно-генетическое разнообразие микроорганизмов семейства Anaplasmataceae
- 6.2.1. Общая характеристика клещевых анаплазмозов и эрлихиозов
- 6.2.2. Генетический полиморфизм и филогения видовых комплексов рр. Ehrlichia и Anaplasma
Официальные оппоненты
- Igor Cemortan
доктор, доцент, Государственный университет медицины и фармации им. Николая Тестемицану - Borchsenius Serghei
doctor în biologie, profesor universitar, Institutul de Citologie, Sankt-Petersburg, Federaţia Rusă
Диссертации
